消化爐在蛋白質檢測中起到了很重要的作用，選擇一臺合適的消化爐是準確檢測的前提。可以根據用戶的需要選擇不同的熱載體。比如石英輻射、鋁錠、石墨等。

1、石英紅外加熱，靠熱輻射來加熱樣品。
特點是：升溫快，熱慣性小，溫控。一般應用于有高要求樣品的消化。例如：有較快的升溫和降溫速度。程序升溫使用戶，根據樣品的特點來選擇升溫曲線，或選擇分段式的升溫，有利于樣品的消化，從而減少樣品掛壁現象、使得樣品消化率大大提高。但早期的石英盒由于電阻絲不密閉，在酸霧環境下易被腐蝕，換石英盒是不能避免的“痛"。
 

2、鋁錠加熱，靠鋁錠傳導熱能給樣品。
特點：升溫較慢，熱慣性較大，溫度較穩定，還由于鋁錠的良好的熱傳導性，每個樣品孔間的溫度一致性較好，由于電加熱處于密閉狀態，酸霧不會影響加熱部分，且鋁和硫酸反應也只是表面產生硫酸鋁，不會深入腐蝕。廣泛應用于消化爐的熱載體，但也要注意：一片薄薄的鋁錠也不能保持溫度的恒定，所以選擇鋁錠消化爐，鋁錠厚度也是一個考察指標。
 

3、石墨加熱，靠石墨傳導給樣品熱量。
特點：熱慣性大，升溫慢，由于石墨熱傳導性較差（相比較鋁錠），使得樣品孔間溫度不均勻，容易造成樣品間消化時間差較大，由此樣品消化時間較長。影響數據的性。但是由于石墨材料成本低（相對于鋁錠），優點：石墨消化爐成本便宜，且石墨對硫酸不起反應。對部分低端用戶有一定的吸引力。